Il 16 Settembre del 1598 moriva il grande Generale giapponese Toyotomi Hideyoshi, il primo che riuscì ad unificare il Paese - fino ad allora diviso in una moltitudine di feudi spesso in lotta tra loro -, sotto un unico comando.
Prima di morire, designò come erede il figlio Hideyori che, essendo troppo giovane - era nato nel 1593 -, venne affidato alla tutela di cinque reggenti scelti per la loro fedeltà al clan dei Toyotomi: Tokugawa Ieyasu, Maeda Toshiie, Uesugi Kagekatsu, Mori Terutomo e Ukita Hideie.

Nel giro di pochi anni il rapporto tra i cinque reggenti venne presto a deteriorarsi; Tokugawa, che si insediò nel castello di Fushimi – ultima residenza di Toyotomi, e per questo accusato di voler prendere il suo posto –, ma il primo attrito tra i cinque – a cui si aggiunsero i cinque commissari nominativi da Toyotomi per sovrintendere le attività di governo –, arrivò quando si trattò di decidere sul ritiro della spedizione militare in Corea.
I commissari erano favorevoli alla continuazione della campagnia contrariamente ai reggenti che decisero per il ritiro. Dopo la morte del Generale, la situazione degenerò; intrighi, complotti, alleanze e sospetti portarono alla formazione di due forze contrapposte: i lealisti di Ishida, fedeli al clan Toyotomi, e Tokugawa con i suoi alleati. Ci si riferisce a questi due gruppi anche utilizzando i termini "occidentale" (Ishida) e "orientale" (Tokugawa) per identificare la locazione geografica dei rispettivi clan sostenitori.

Ben presto l’attrito tra i due gruppi sfociò in un aperto conflitto armato e, ad aprire le ostilità, fu Kagekatsu, del clan degli Uesegi (alleato degli Ishida) che, dalla sua roccaforte a settentrione dei domini di Tokugawa, minacciò di invadere i territori di Ieyasu. Tokugawa si vide così costretto, dopo aver lasciato delle guarnigioni presso i castelli di Osaka e di Fushimi (il fedele Torii Mototada), per proteggersi le spalle, a puntare verso nord con il suo esercito, ma senza fretta visto che temeva lo scoppio di un conflitto più generale con l'esercito occidentale che Ishida stava mobilitando proprio a sud dei suoi domini. Inoltre il ribelle Uesegi era circondato da clan alleati di Tokugawa che potevano facilmente occuparsi di lui. Un altro problema sorse quando il clan dei Satake si rifiutò di attaccare – come era stato ordinato da Tokugawa - il clan Uesugi arroccato nel castello di Aizu.

Queste le parole pronounciate da Tokugawa Ieyasu - prima della battaglia di Sekigahara nell'ottobre del 1600: "Per un samurai ci sono due alternative: o fare ritorno con la testa sanguinante del nemico nelle proprie mani, o fare ritorno senza la propria "

Il piano dei Tokugawa prevedeva che, Hidetada, una volta sconfitto il clan Satake, si dirigesse verso sud, si unisse all'esercito del padre per poi attaccare insieme Ishida. Ma il piano fallì in quanto Hidetada e i suoi uomini, per una serie di motivi (maltempo, assedio del castello di Ueda e comunicazioni scarse), dovettero rallentare di molto la loro marcia e finirono con il mancare all'appuntamento.

I due eserciti, quello occidentale e quello orientale, si incontrarono presso il passo di Sekigahara, nella prefettura di Gifu sulla strada per Kyoto.
Ishida Mitsunari, anche senza l'alleato Mori Terumoto, era numericamente superiore, nonostante molti suoi uomini non fossero presenti a Sekigahara in quanto occupati ad assediare vari castelli di daimyo fedeli a Tokugawa.
Ma Ieyasu, in previsione dello scontro, aveva cominciato a lavorare ai fianchi, con una paziente, e segreta, offensiva diplomatica, che presto avrebbe dato i suoi frutti: contattò numerosi daimyo, della fazione avversa, e li convinse – promettendo loro nuove terre in caso di vittoria - a tradire Ishida durante la battaglia finale. Uno di questi fu Kobayakawa Hideaki che, come vedremo, sarà la chiave che darà la vittoria a Tokugawa.

Le forze occidentali, al passo di Sekigahara, erano così posizionate: sul fianco nord (Monte Sasao) Ishida Mitsunari, al centro le truppe di Ukita Hideie e, sul fianco sud (Monte Matsuo), Kobayakawa Hideaki. L'esercito di Ishida, quindi, era su una forte posizione difensiva che gli permetteva anche di accerchiare, con una certa facilità l'armata di Tokugawa.

Il 15 Settembre del 1600 era una giornata piovosa: il terreno era diventato pesante e gli spostamenti difficili . Nella notte c'erano state schermaglie tra l'avanguardia di Tokugawa e la retroguardia di Ishida, ma lo scontrò finale iniziò solo alle 8 di mattina quando gli uomini di Li Naomasa attaccarono il centro dell'esercito occidentale. La battaglia infuriò immediatamente coinvolgendo anche il fianco nord – quello del comandante Ishida il quale ordinò a Kobayakawa di prendere alle spalle l'esercito di Tokugawa, ma questi non rispose all'ordine e rimase fermo sulle sue posizioni.
Dopo un attimo di incertezza Kobayakawa si "ricordò" dell'accordo preso con Ieyasu Tokugawa e, con i suoi 15.000 uomini, attaccò l'esercito di Ukita. Questo importante voltafaccia produsse un effetto a catena e altri daimyo saltarono il fossato e passarono dalla parte di Tokugawa.
Dopo appena sei ore l'esercito occidentale di Ishida Mitsunari collassò e la vittoria degli orientali fu completa. Lo stesso Ishida si diede alla macchia, ma venne catturato dopo tre giorni, portato a Kyoto e giustiziato.

La battaglia di Sekigahara rimane una dei momenti cruciali della Storia del Giappone.
Dopo il vittorioso scontro, Ieyasu Tokugawa venne nominato Shogun, nel 1603, dall'Imperatore GoYozei.
Il Paese era di nuovo riunito sotto il comando di un unico generale.
Nel 1605 Ieyasu abdicò in favore del figlio Hidetada inaugurando così una dinastia che sarebbe durata fino alla seconda metà del XIX secolo.
Un regno di oltre 250 anni in cui il Paese visse un periodo di sostanziale pace, ma anche di quasi totale isolamento dal mondo esterno.
La capitale da Kyoto venne spostata ad Edo (l'odierna Tokyo),

Per quanto riguarda i daimyo che parteciparono al conflitto, vennero premiati o puniti a seconda del campo che occupavano durante il confronto armato.
Molti dei daimyo sconfitti furono esiliati dalle loro terre d'origine e non tutti accettarono di buon grado il trattamento subito. Il clan dei Mori, per esempio, pur non avendo partecipato in prima persona alla battaglia di Sekigahara, si vide esiliato nel Choshu. Altro clan scontento fu quello dei Shimazu il cui capo, Yoshihiro, pur avendo militato nell'esercito occidentale, non attaccò l'armata di Ieyasu se non, a fine battaglia, per aprirsi un varco e tornare cosi nel Satsuma, la terra d'origine di questo clan. Tokugawa concesse loro di rimanere nel Satsuma, ma il clan dei Shimazu non fu mai completamente fedele allo shogunato Tokugawa.

E' interessante notare che i clan Mori e Shimazu furono tra i principali protagonisti della Guerra di Boshin (1868 - 1869) che segnò la sconfitta dello shogunato Tokugawa e la restaurazione del potere imperiale Meiji.
Gli effetti della battaglia di Sekigahara si fecero sentire perfino oltre due secoli e mezzo dopo.