All'inizio di tutto c'erano tre divinità, invisibili: Ama No Mina Kanushi "Il Signore del Paradiso", Takami Musubi e Kami Musubi. Dopo di loro si aggiunsero due altre divinità minori: Umashiashikabihikoji e Amanotokotachi.
Queste cinque divinità erano chiamate "Separate Divinità Celesti". A loro seguirono sette generazioni di kami maschili e femminili.
I kami sono divinità o spiriti.

A quel tempo la terra era ricoperta da un brodo primordiale.
Gli dei scelsero i due kami più giovani, Izanagi e Izanami, fratello e sorella, per creare il mondo e, a questo scopo, donarono loro una lancia ingioiellata. Dal ponte celeste, che collegava la Terra al Paradiso, Izanagi agitò il fango primordiale con la lancia da cui, una volta ritratta, caddero delle gocce di acqua salata. Da queste gocce nacque l'isola di Onogoro. Le due divinità scesero quindi sulla terra e andarono a vivere sull'isola.

Si sposarono ed ebbero 8 figli, che poi divennero le 8 isole del Giappone: Sado, Yamato (Honshu), Oki, Tsushima, Iki, Tsukushi (Kyushu), Iyo (Shikoku) e Awaji (da notare che non ci sono Hokkaido ed Okinawa che entrarono a far parte del Giappone molto più avanti).
Successivamente ebbero altri figli, ma durante il parto del dio del fuoco Kagutsuchi, a causa delle bruciature riportate, Izanami morì e venne sepolta presso il Monte Hiba. Izanagi, folle di rabbia, uccise Kagutsuchi e questo fatto portò alla nascita di dozzine di altre divinità e altre nacquero dalle lacrime di Izanagi stesso il quale decise di intraprendere un viaggio nel regno dell'Oltretomba, Yomi-tsu kuni, per cercare di portare indietro l'amata sposa e sorella.

A Yomi regnava l'oscurità, ma riuscì a trovarla e, dopo tante insistenze, a convincerla a tornare nel mondo dei vivi. Quando il dio, finalmente, accese una torcia vide il corpo della moglie ormai in putrefazione e coperto di vermi: non esisteva più niente della bellezza di un tempo. In preda al terrore Izanagi fuggì inseguito da demoni che Izanami gli lanciò dietro con il compito di riportarlo da lei. Alla fine Izanagi uscì da Yomi e coprì l'imboccatura di Yomi con una grossa pietra. Dall'interno la dea, piena di rabbia, gridò che avrebbe ucciso 1000 persone per ogni giorno senza il marito il quale rispose che per ogni giorno di lontananza avrebbe fatto nascere 1500 uomini. Fu così che nacque la Morte fra gli uomini. Izanami divenne il kami del mondo dei morti.

Una volta scampato il pericolo, Izanagi senti il bisogno di purificarsi e di ripulirsi da tutto il sidiciume incontrato a Yomi: si immerse nel fiume e cominciò a lavarsi. Ad ogni suo gesto, ad ogni veste che si toglieva, nascevano nuovi kami, ma tre di loro erano i più importanti e divennero protagonisti di molte successive storie della mitologia nipponica: Amaterasu, che nacque dall'occhio sinistro di Izanagi, Tsuku-yomi, dall'occhio destro, e Susano-ò che usci dal naso.
Izanagi decise di dividere il mondo tra questi tre fratelli: Amaterasu divenne la dea del Sole e dei Cieli, a Tsuku-yumi divenne il dio della Luna e della notte e al fratello Susano-ò spettò il regno del mare e delle tempeste.
Discendente della dea del Sole Amaterasu sarà poi il primo imperatore del Giappone, Jimmu, e poi tutti gli imperatori successivi compreso Akihito, l'attuale Imperatore.